Águilas Doradas Rionegro nació en noviembre de 1991 con el nombre de Deportivo Industrial Itagüí, apodado El Cariñosito, compitió en la Categoría Primera en las temporadas 1992 y 1993.
En la temporada 1994 se llamó, Deportivo Antioquia, en 1996, pasó a ser Itagüí Fútbol Club, en 1998 la ficha del club pasó a manos de particulares, en el año 2001 se llamó Bajo Cauca, jugando en el estadio Orlando Aníbal Monroy del municipio de Caucasia, quedando subcampeón en 2005, en el año 2008 por problemas económicos el Bajo Cauca Fútbol Club fue disuelto, la ficha es adquirida por nuevos socios y se trasladadó de nuevo a Itagüí.
En julio de 2008, nace como Corporación Deportiva Itagüí Ditaires, al ser adquirida la ficha del equipo Bajo Cauca por José Fernando Salazar Olano, exjugador de Fútbol Profesional, el nuevo equipo no tiene nada que ver con los anteriores equipos que existieron en Itagüí y jugaron en la Primera B como el Industrial, en los años 1992 y 1993, Itaguí F.C. de los años 1998 a 2003 y Deportivo Antioquia, en los años 1994 a 1997 y 2004.
En 2009 el equipo clasificó a la final del Torneo Apertura, el partido de ida se jugó en Tuluá, cayó derrotado 3-1, el de vuelta en Ditaires lo ganó Águilas Doradas 2-0, y en la definición por penales el Tuluá se impuso 6-5.
En la temporada 2010, el equipo dirigido por Álvaro de Jesús Gómez fue líder de la Primera B, en los cuadrangulares semifinales, que disputo quedó primero en el grupo A, llegando a la final con el Deportivo Pasto, el partido de ida en Pasto quedó igualado a 1 tanto, el 8 de diciembre de 2010 en Itagüí, fue el partido de vuelta con marcador de 2-1 , quedando campeón del torneo de ascenso y listo para disputar la Primera A para la temporada 2011.
Debutó en el Torneo Apertura 2011 el 6 de febrero, venciendo como local al Independiente Medellín 2-1, el primer torneo, sumó 24 puntos, quedando en la undécima casilla, por fuera de la fase final, se va de la dirección técnica Carlos Mario Hoyos.
Para el Torneo Finalización regresa el técnico Álvaro de Jesús Gómez, obtuvo 30 puntos, clasificando en el segundo lugar a la fase de cuartos de final y alejándose del descenso.
En cuartos de final, se enfrentó a Santa Fe, el partido de ida en el Estadio Nemesio Camacho El Campín de Bogotá, cayó 3-2, 8 de diciembre en el Estadio de Ditaires, se jugó el partido de vuelta impuso nuevamente Santa Fe, esta vez 1-0, eliminandolo de toda posibilidad de buscar el título.
Para el 2012, llega como entrenador Hernán Torres, tuvo en el primer semestre una gran campaña y clasifica a los grupos finales y es eliminado por Santa Fe, para el segundo semestre, llega el técnico Leonel Álvarez, clasifica a los grupos finales y eliminado por Independiente Medellín, y clasifica para la Copa Sudamericana.
En el año 2013 el técnico Jorge Luis Bernal, consiguió 30 puntos y clasificando a las finales pero no logró el título.
En el segundo semestre, jugó su primer copa internacional, siendo superado solo por Libertad de Paraguay, llegó a las finales de la Liga Colombiana y consiguió un nuevo cupo a la Copa Sudamericana del año 2014.
Pra el 2014, llega de director técnico Alberto Gamero, el equipo es expulsado de Itagüí por el Alcalde Carlos Andrés Trujillo, quien pretendía apoderare del equipo, y los directivos no lo permitieron, se fue Gamero y regresa Jorge Luis Bernal, tuvo que jugar en Pereira la Copa Sudamericana se enfrentó al Emelec de Ecuador, fue eliminado en la Primera Ronda en Guayaquil.
En 2015, llega Oscar Quintabani, en su participación en la Copa Sudamericana se enfrentó al Unión Comercio de Perú, en el partido de ida lo derrotó por 2-0 y en el de vuelta 1-1, luego enfrentó al Club Olimpia de Paraguay en la ida Asunción empataron 1-1, y en la vuelta cayó 2-1 quedando así eliminado.
En diciembre de
2015 , Jorge Perdomo presidente de la Dimayor y Ramón Jesurum presidente de la Federación Colombiana de Fútbol, se reunieron con el alcalde de Itagüí, León Mario Bedoya, para intentar repatriar el equipo a su sede natural, pero el burgomaestre se negó a toda petición.
El 22 de enero de 2016, cambió su nombre a Rionegro Águilas Doradas, después de llegar a un acuerdo con el alcalde de Rionegro, Andrés Julián Rendón, que aprovecho la oportubnidad y se hizo a un equipo profesional de fútbol para su municipio.
