Fortaleza FC, en el 2010, Ricardo Pérez, ex-jugador de Millonarios, y Víctor López, adquirieron la ficha del Atlético Juventud Fútbol Club, la fundación del club se formalizó el 4 de enero de 2011 para la participación en la Categoría Primera B, segunda división del fútbol profesional en Colombia, Fortaleza Fútbol Club, conocido como Fortaleza Centro de Entrenamiento Integrado para el Fútbol o Fortaleza C.E.I.F., es un Club de fútbol colombiano, del municipio de Cota con sede en Bogotá.
En el 2011, fue eliminado en los torneos Apertura y Finalización por Expreso Rojo.
En el 2013 queda campeón del Torneo Finalización frente a Rionegro y más adelante perdería por 5-1 global de la Gran Final del Torneo de Primera B frente a Uniautónoma Fútbol Club, jugó la promoción frente al Cúcuta Deportivo, que derrotó por un marcador global de 2-1 y ascendió a Primera División.
Después de haber realizado una mala temporada en la primera regresó a la segunda división tener un pésimo promedio durante el 2014.
La temporada 2015, jugó en la Segunda División, al finalizar la temporada logra quedar cuarto con 51 puntos en el todos contra todos, en los cuadrangulares de Ascenso, queda ubicado en el grupo B junto a Deportivo Pereira, Leones y Unión Magdalena, logra salir primero de este cuadrangular con 15 puntos y así obtener de nuevo un cupo a la Categoría Primera A después de un año sin jugar en ella.
En la fecha 17 de la Liga Águila II, 2016, pierde la categoría tras caer en Tunja con Boyacá Patriotas, de esta forma regresó al Torneo Águila a partir del año 2017.
Fortaleza Juega en el Estadio Metropolitano de Techo, y el cual comparte con el club La Equidad, debido a que este estadio es propiedad del Instituto Distrital de Recreación y Deporte, IDRD de Bogotá.
